Kościół na Łagiewnickim wzniesieniu gościł Ojca Świętego Jana Pawła II jeszcze gdy w czasie II wojny światowej pracował On jako robotnik w pobliskich Zakładach Sodowych "Solvaj". Będąc następcą św. Piotra przybył do Sanktuarium - 7.06.1997 r. Powiedział wtedy m.in." Orędzie Bożego miłosierdzia zawsze było mi bliskie i drogie. Historia jakby wpisała je w tragiczne doświadczenie II wojny światowej. W tych trudnych latach było ono szczególnym poarciem i niewyczerpanym źródłem nadzieji nie tylko dla Krakowian, ale dla całego narodu. Było to i moje osobiste doświadczenie które zabrałem ze sobą na stolicę piotrową i które niejako kształtuje obraz tego pontyfikatu"
